现如今等离子清洗机应用于医疗领域已经不罕见了，经等离子表面清洗过后，可以进一步提升表面亲水性、粘附性、生物相容性、透气性和抗凝性能，使得通过等离子清洗机进行处理已经是生物医学材料表面处理和清洁的有效手段之一了。它可以改善许多医疗行业内所需的器件，如软组织材料、人血管系统材料、医疗膜材料、生物传感器材料、骨修复和更换材料等等。
我们可以先拿导尿管做例子来说明等离子清洗机的作用，为了防止尿管中硅橡胶与人体接触表面的老化，需要对其表面进行氧等离子的处理，以促成等离子体处理前后的表面结构、性能和化学成分的变化，而经过氧等离子体处理后的导尿管体现在表面变滑，表面性能明显发生改变，且无有害基团产生。另外，若是在等离子清洗机处理硅橡胶增加了表面活性之后，再在表面涂度一层不易老化的疏水材料，其效果也非常好。
等离子清洗机在医疗器械中的应用，实质上就是在解决医疗器械材料的表面处理问题，以及医疗设备与人体生物相容性问题。即是保证人体在使用植入或介入医疗设备时，不会造成排异、凝血、毒性、过敏、致癌、免疫反应等，同时医疗设备与人体协调并达到预期的功能。
像医用输液导管、引流管、导尿管、细胞培养皿、植入体等等，都会使用等离子清洗机的处理，在这一过程中使得羟基、羧基、氨基、环氧基团接枝引入，这不仅有助于酶的固定，而且能延长表面亲水性的时间，增强医疗器械与人体的相容性，这些都使得等离子清洗机在医疗器械行业中增加了不小的影响力。
